Los Capítulos Regionales constituyen el principal órgano ejecutor y operativo del Foro Nacional de Sida, con una amplia participación multisectorial y comunitaria. Es el responsable de la implementación de los esfuerzos, proyectos, acciones y actividades sobre VIH y/o Sida en una zona o región específica del país. Dado el número de agencias participantes a nivel nacional y regional, a través de la Asamblea General del FOROSIDA se puede aprobar el establecimiento de Capítulos Regionales donde se consideren necesarios. Inicialmente se establecieron cinco Capítulos Regionales en las ciudades de San Pedro Sula, Tegucigalpa, La Ceiba, Santa Rosa de Copán y Choluteca.